Geschichtlich belegt ist sein langjähriger Aufenthalt als Presbyther in Ephesus, von wo aus er die 7 kleinasiatischen Gemeinden gründete, die in der Offb mit den sieben Sendschreiben angesprochen werden. In Ephesus sammelte er Schüler um sich, darunter auch Polykarp, späterer Bischof von Smyrna. Kaiser Domitian verbannte ihn nach der Überlieferung auf die Insel Patmos, wo er (ca. 90-95 n. Chr.) die Offenbarung empfing und niederschrieb. Erst in hohem Alter schließlich verfasste er das Evangelium, das Martin Luther als das "zarte rechte Hauptevangelium" bezeichnete. Das Thema dieses Evangeliums steht in Kapitel 3, 16: "Also hat Gott die Welt geliebt, dass er seinen eingeborenen Sohn gab, damit alle, die an ihn glauben, nicht verloren werden, sondern das ewige Leben haben."
Seine Briefe schildern Gott als Licht, als Liebe. "Seht welch eine Liebe hat uns der Vater erwiesen dass wir Gottes Kinder heißen sollen - und wir sind es auch!" (1. Joh 3, 1) Im Alter wiederholte er immer wieder die Aufforderung: "Kindlein, liebet euch untereinander!" Danach von seinen Schülern gefragt, antwortete er: "Es ist ein Wort des Herrn; wer es erfüllt tut genug."
Eine Erzählung der Väter, die Klemens von Alexandria niederschrieb, mag die menschensuchende Liebe des Johannes beschreiben: Einst hatte er einem Bischof einen Jüngling anempfohlen. Der Bischof unterrichtete den Jüngling im Glauben und taufte ihn schließlich, worauf er ihn aus seiner wachsamen Obhut entließ. Dieser kam bald unter die Räuber und gründete eine eigene Räuberbande, selbst der grausamste von allen. Als Johannes wieder in die Gemeinde kam und den Jüngling von dem Bischof zurückforderte, erwiderte dieser, jener sei in der Seele tot, und wies Johannes den Ort, wo er hauste. Der alte Johannes ritt zu dem Berg, wo die Räuberbande ihren Unterschlupf hatte, und traf dort den Jüngling an, der sich zu verbergen suchte. Johannes rief: "Ach, lieber Sohn, warum fliehst du vor deinem Vater? Fürchte dich nicht, ich will vor Gott für dich eintreten und will gerne für dich sterben, wie der Herr für uns gestorben ist. Halt an, lieber Sohn, glaube, denn Gott hat mich zu dir gesandt!" Der Jüngling kehrte reuevoll zurück und wurde durch Johannes zu einem Leben im Glauben hingeführt.
Johannes starb im Frieden im hohen Alter von 100 oder 101 Jahren und wurde in Ephesus begraben. Sein Tag liegt so nah beim Christfest, weil diese Zeit eine Zeit der Offenbarung der Liebe Gottes ist, die Johannes sein Leben hindurch gelebt und gepredigt hat.
Johannes' Zeichen ist der Adler, ein Symbol seiner in die Höhe weisenden Theologie. In der Kunst wird er auch mit einem Becher dargestellt, aus dem eine Schlange aufsteigt. Diese Darstellung nimmt Bezug auf eine Legende, nach der Johannes von dem heidnischen Priester Aristodemus genötigt worden war, einen Giftbecher zu leeren. Johannes nahm keinen Schaden von diesem Trunk.
Herr, du hast darum gebetet (EG 267)
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